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從原發腫瘤追到腦與肺:AI空間分析鎖定疑似轉移細胞群

一名黑色素瘤患者長達八年的檢體,讓研究人員得以把細胞形態與逾6,000種蛋白質逐區對照,回溯可能促成遠端轉移的腫瘤族群;但這仍是單一病例,距離臨床預測工具尚遠。

By SURL BioNews

同一顆腫瘤裡,並非所有癌細胞都具有相同的危險性。若能在原發腫瘤尚未擴散時,辨認出較可能轉移或抗藥的少數細胞,治療或許能更早對準真正的威脅。一項黑色素瘤病例研究,嘗試以人工智慧讀取組織切片,再用空間蛋白體學追查這些細胞後來的去向。

研究對象是一名24歲時確診頭皮黑色素瘤的女性。她在八年間歷經頸部淋巴結復發、肺轉移與多發性腦轉移,先後接受手術、BRAF與MEK抑制劑、免疫檢查點抑制劑及放射治療。研究團隊回頭分析保存的原發腫瘤、三份肺轉移及一份腦轉移石蠟組織,藉此重建疾病演進軌跡。

團隊先讓依這名患者切片訓練的深度學習模型,分析常規H&E染色影像。模型在原發腫瘤中分出兩個空間上彼此區隔的細胞群PT1與PT2;在原發腫瘤內部的保留影像區域驗證中,整體分類準確率約94%。模型共辨識逾17萬個細胞,而PT1細胞的細胞核平均較大,顯示兩群細胞不只位置不同,也具有可辨認的形態差異。

當同一模型套用到經專家標註的肺與腦轉移切片時,兩處的腫瘤細胞形態大多更接近PT1,PT2樣細胞則幾乎不見。研究人員再依AI繪出的區域,以雷射顯微切割分離數千個細胞進行質譜分析;逾6,000種蛋白質構成的圖譜同樣顯示,PT1與肺、腦轉移組織的分子特徵比PT2更相近。形態與蛋白質兩條證據因而共同指向PT1可能是這名患者較具轉移能力的細胞群,但尚不能證明兩者具有直接譜系關係。

蛋白質訊號也提供了腫瘤行為的線索。PT1及轉移組織呈現較旺盛的糖解作用、氧化磷酸化和增殖相關訊號;轉移灶中的SRC與YES1含量升高,則可能協助癌細胞繞過BRAF/MEK抑制。這些結果可用來提出代謝抑制或多路徑合併治療的假說,卻不足以證明任何藥物對這名患者或其他黑色素瘤患者有效。

這套方法眼前較實際的價值,是把病理影像當成導航圖,精準挑出值得進一步做分子分析的區域,而非讓AI直接決定治療。研究僅涵蓋一名患者,模型的訓練與驗證資料也來自同一人的組織,換一個病例便需重新訓練;研究亦未在大型獨立族群中檢驗PT1特徵能否預測復發或轉移。要走進臨床,仍須證明跨患者、跨實驗室與跨掃描設備的穩定性,並透過前瞻研究確認其判讀確實能改善治療決策。

References

  1. HUN-REN Biological Research Centre via Medical Xpress
  2. npj Precision Oncology