Emparejar «retratos de búsqueda» y cazadores inmunitarios en cortes tumorales: Slide-GoTags traza un nuevo mapa del combate contra los neoantígenos

Uno de los principales desafíos de la inmunoterapia contra el cáncer es que, aunque un tumor esté repleto de células inmunitarias, eso no significa que estas reconozcan realmente las células cancerosas que tienen al lado. Un equipo de investigación presentó en *Nature Biotechnology* la plataforma Slide-GoTags, que sitúa los neoantígenos presentes en las células cancerosas, las células T infiltradas en el tumor y las secuencias de sus receptores en un mismo mapa espacial, permitiendo observar qué células inmunitarias podrían estar reconociendo a qué células cancerosas.

Los llamados neoantígenos son fragmentos de proteínas generados por mutaciones tumorales que normalmente no están presentes en las células sanas, y constituyen objetivos importantes de las vacunas personalizadas contra el cáncer y de algunas terapias celulares. Anteriormente era posible identificar por separado las mutaciones tumorales, analizar la expresión génica o secuenciar los receptores de las células T, pero al disgregar el tejido a menudo se perdía la ubicación original de las células, lo que dificultaba determinar si una célula T específica estaba realmente cerca de células cancerosas portadoras del antígeno correspondiente.

Slide-GoTags integra la genotipificación tumoral dirigida, la secuenciación de receptores de células T y la secuenciación de RNA de núcleo único en un mismo corte de tejido. No solo señala qué células cancerosas expresan neoantígenos candidatos, sino que también identifica el estado transcripcional y las secuencias de los receptores de las células T circundantes, lo que permite rastrear, a escala unicelular, los antígenos y los receptores inmunitarios potencialmente compatibles.

Los investigadores hallaron en tumores de ratón y humanos células T específicas de neoantígenos que habían experimentado expansión clonal; estas células se encontraban cerca de células cancerosas que expresaban los antígenos correspondientes. Una presentación informativa complementaria del estudio indicó que el análisis también identificó distintos microambientes inmunitarios relacionados con respuestas específicas del tumor, lo que sugiere que el reconocimiento eficaz no se distribuye de manera uniforme, sino que puede concentrarse en determinados «nichos inmunitarios».

Los datos públicos también permiten examinar con mayor detalle parte de los resultados. El Single Cell Portal del Broad Institute alberga los datos utilizados en algunas figuras sobre tumores humanos del artículo, que abarcan un total de 78.651 células y 30.489 genes, y ofrece funciones de exploración interactiva y descarga. Esto ayuda a otros investigadores a comprobar la colocalización espacial de las células cancerosas positivas para neoantígenos y las células T correspondientes, o a volver a poner a prueba las conclusiones mediante distintos métodos de análisis.

A corto plazo, el valor de este método probablemente resida en ayudar a los investigadores a seleccionar neoantígenos capaces de provocar realmente una respuesta de células T dentro del tumor y a esclarecer por qué algunas respuestas inmunitarias son eficaces mientras que otras son inhibidas por el microambiente. Para avanzar hacia su uso en el diseño de vacunas personalizadas o terapias celulares, aún será necesario validarlo en más tipos de cáncer y en grupos más numerosos de pacientes, así como confirmar si la proximidad espacial representa una actividad antitumoral real y sostenida; el estudio actual todavía no puede demostrar que seleccionar objetivos de este modo mejore la eficacia clínica.