La COVID-19 grave altera el viroma humano: la actividad persistente de los anellovirus se asocia con la COVID persistente

Los virus no están presentes en el cuerpo humano únicamente durante una infección. Muchos pueden permanecer latentes a largo plazo o mantener una actividad extremadamente baja, sin causar prácticamente síntomas en condiciones normales; sin embargo, una enfermedad grave puede romper este equilibrio. Un nuevo estudio indica que la COVID-19 grave no solo provoca daños por el propio SARS-CoV-2, sino que también se acompaña de la reactivación de varios virus ya presentes en el organismo, y algunas de estas señales persisten hasta la etapa de la COVID persistente.

El equipo de investigación analizó a 1.154 pacientes con COVID-19 hospitalizados y no vacunados de la cohorte prospectiva IMPACC. Los participantes procedían de 20 hospitales pertenecientes a 15 instituciones académicas de Estados Unidos. Durante la hospitalización, los investigadores recogieron muestras nasales y de sangre, así como muestras endotraqueales de algunos pacientes, y realizaron seguimientos a los 3, 6, 9 y 12 meses después del alta. Mediante la combinación de secuenciación del ARN viral y datos sobre células inmunitarias, citocinas, proteómica y metabolómica, trazaron los cambios del viroma humano antes y después de la infección.

Durante los primeros 40 días tras la hospitalización se observaron indicios de reactivación de virus de las familias Herpesviridae, Enteroviridae y Anelloviridae. En conjunto, las señales de transcripción del citomegalovirus, el virus de Epstein–Barr, el virus del herpes simple tipo 1 y los anellovirus se asociaron con una enfermedad aguda más grave. Entre los pacientes más graves, la señal del citomegalovirus también se relacionó con un mayor riesgo de muerte durante el año siguiente, mientras que algunos resultados de detección viral coexistieron con complicaciones como choque, accidente cerebrovascular o infecciones secundarias.

Los distintos virus dejaron huellas inmunitarias diferentes. El análisis multiómico mostró que la reactivación viral estuvo acompañada de un aumento de señales inflamatorias como IL-6, CXCL10 y TNF, un incremento de células T CD4 y CD8 activadas y cambios en la expresión de genes relacionados con la replicación celular. Estas asociaciones siguieron siendo observables después de tener en cuenta la gravedad de la COVID-19 y la carga viral del SARS-CoV-2, lo que sugiere que no eran únicamente fenómenos secundarios derivados del estado crítico de los pacientes.

Los anellovirus fueron el hallazgo más llamativo. Estos virus están ampliamente presentes en el cuerpo humano y, por lo general, no tienen una patogenicidad claramente definida; en ocasiones, su cantidad se considera un indicador indirecto de la capacidad de vigilancia inmunitaria. El estudio halló que los pacientes que seguían presentando señales de transcripción de anellovirus al menos 3 meses después del alta mostraban con mayor frecuencia un fenotipo de COVID persistente caracterizado principalmente por fatiga y una peor función física. Si esta señal pudiera reproducirse en otras poblaciones, podría desarrollarse como biomarcador para la estratificación del riesgo y ofrecer un punto de partida para estudiar el desequilibrio inmunitario de la COVID persistente.

No obstante, que la actividad viral y los síntomas aparezcan al mismo tiempo no significa que la primera cause los segundos. El estudio detectó señales de transcripción viral, que no pueden equipararse en todos los casos con virus completos capaces de transmitir la infección; los anellovirus también podrían ser únicamente una lectura del desequilibrio de la función inmunitaria, y no un factor impulsor de la enfermedad. Además, las muestras se concentraron en pacientes hospitalizados y no vacunados, por lo que los resultados podrían no ser aplicables a personas con infecciones leves en la era de la vacunación generalizada. El siguiente paso será validarlos en grupos correspondientes a distintos periodos de infección y niveles de gravedad, y aclarar mediante estudios mecanísticos si los virus reactivados participan realmente en la evolución de la COVID persistente o si dejan una huella medible de alteraciones inmunitarias más profundas.